新技术可全面检测整个基因组中细胞核RNA与染色质相互作用

日本理化学研究所的一个研究小组开发出称为

“RADICL-seq”(RNAAndDNAInteractingComplexesLigatedAndsequence)的方法，可在整个基因组中全面检测细胞核内RNA和基因组DNA(染色质)之间的相互作用。

科学家对很多被称为“长链非编码RNA(lncRNA)”在内的RNA功能尚不了解。而了解RNA功能，必须了解由DNA和组蛋白组成的染色质区域与RNA的相互作用。

从DNA转录的RNA分为两种，一种是具有制造蛋白质信息的信使RNA(mRNA)，另一种是不具备制造蛋白质信息的非编码RNA(ncRNA，非编码RNA)。在ncRNA中，长度超过200个碱基的RNA被称为“长链非编码RNA”。ncRNA的一部分参与体内的各种过程，包括转录和翻译，以及通过由DNA和组蛋白组成的“染色质”的结构变化调节基因表达(染色质重塑)。

新方法首先用甲醛固定细胞核内存在的RNA、蛋白质和DNA，然后通过独特设计的衔接子序列连接RNA和DNA。之后去除固定的蛋白质，仅提取结合到衔接子的RNA和DNA。通过下一代基因测序器读取这些基因，然后将其定位到基因组中。这样可全面了解附近存在的DNA和RNA。

研究小组开发的方法可以同时捕获各种核RNA的信息，包括在调节基因组DNA的基因表达和维持染色质结构中起重要作用的RNA，以及与它们相互作用的基因组区域。通过这种方法获得的数据还可以用于检查染色质如何组织和调节，并提供lncRNA功能的全面评估。今后有望作为研究核内RNA的技术被广泛应用。

研究成果2月24日发表在《自然通讯》杂志上。